Klima u Prijepolju je umereno-kontinentalna sa lokalnim promenama koje izaziva uticaj reljefnih oblika. Na ovakvoj klimi grad treba da se zahvali podjednakoj udaljenosti od:

• Jadranskog mora (140 km) odnosno maritimne klime;
• Panonske nizije (169 km) odnosno kontinentalne klime.

Na sprečavanje jačeg uticaja neke od ovih klima dodatno su odgovorni visoki planinski masivi koji se prostiru izmedju Prijepolja i središta ovih klimatskih oblika.

Prosečna količina padavina na ovom prostoru je oko 789.5 mm/m², s’ tim da je najmanje padavina tokom zime i proleća, a najviše tokom jeseni i leta.

Prosečna temperatura je 9.3°C, sa najvišom srednjom temperaturom od 19.1°C u julu i najnižom od -2,8°C u januaru.